Nato a Messina tra il 1261 e il 1280. L’appellativo «Protonotaro» è tramandato dalla rubrica del ms. Vat. Barb. lat. 3953 («Stefano protonotaro da Messina», p. 48), che è confermata dalla didascalia delle cosiddette carte Barbieri (c. 40r). Il poeta avrebbe fatto parte di quel vasto cenobio di homines novi, provenienti dalle antiche famiglie che sostituirono il vecchio ceto dirigente compromesso con Manfredi.

     A Stefano di Protonotaro sono attribuibili le canzoni Assai cretti celare, Assai mi placeria e Pir meu cori allegrari, unico testo della scuola siciliana di cui si sia integralmente conservata la veste linguistica originaria. La canzone Pir meu cori allegrari fu copiata da Giovanni Maria Barbieri (1519-1574).